diff --git a/src/Doc/prepare_document b/src/Doc/prepare_document
--- a/src/Doc/prepare_document
+++ b/src/Doc/prepare_document
@@ -1,19 +1,19 @@
 #!/usr/bin/env bash
 
 set -e
 
 $ISABELLE_LUALATEX root
 
-if [ -f root.bib ]
+if [ -f manual.bib -o -f root.bib ]
 then
   $ISABELLE_BIBTEX root
   $ISABELLE_LUALATEX root
 fi
 
 $ISABELLE_LUALATEX root
 
 if [ -f root.idx ]
 then
   "$ISABELLE_HOME/src/Doc/sedindex" root
   $ISABELLE_LUALATEX root
 fi